Der Name der Ortschaft geht auf den Seefahrer Christoforos Kontokalis zurück, der 1571 bei der Seeschlacht von Lepanto eine der vier Galeeren aus Korfu, sein Schiff „Christo da Corfù“, offenbar mit solchem Geschick kommandierte, dass er eine türkische Galeere erbeuten und nach Korfu bringen konnte und dort für seinen Einsatzmit Land an diesem Ort belohnt wurde.Im Jahr 1700 ließ sich hier die Familie Gerekos nieder, die bis heute in Kontokali ansässig und, ihrer Tradition treu, mit Fischfang beschäftigt ist.