Paxos, dice la tradizione, era un tempo unita a Corfù. Le numerose tempeste provocate da Poseidone ed Eolo causarono il ritiro della terra e da allora Paxos si allontana continuamente verso sud.
Secondo un’altra tradizione più romantica, Poseidone, gettando il suo tridente, divise Paxos da Corfù, per creare un angolo tranquillo in cui poter godere il suo amore per Amfitriti. Da allora emblema di Paxos fu il tridente.
Primi riferimenti all’isola risalgono a Erodoto, a Polivio e a Plutarco. Nel 229 a.C., nelle acque antistanti, si tenne una battaglia navale tra i Corfioti e gli Illiri, che portò alla dominazione romana. Nel 960 a.C. il vescovo Liutprandos visitò l’isola e qui scrisse il suo terzo libro di storia.
Fino al 1380 d.C. (periodo angioino) Paxos seguì il destino di Corfù. Fu ceduto al barone Adam San Ippolito e quando, sei anni dopo, i Veneziani occuparono Corfù, il barone mantenne la proprietà sotto forma di feudo. Nel 1423 venne eretta la fortezza sull’isoletta di Aghio Nikolao a Gaio per difendere la zona dai Turchi e dai pirati. Dopo la morte di San Ippolito, la sorella Lucentia, sua erede, sposò il siciliano Riccardo Altavilla, cedendogli la proprietà dell’isola. Dal 1484 e per un periodo di 30 anni, Paxos passό sotto la giurisdizione della Repubblica di Venezia e della famiglia Avrami. Le pesanti tasse imposte dai signori e le aggressioni dei pirati, che saccheggiavano l’isola e ne assoggettavano gli abitanti, portarono la popolazione ai limiti della miseria. Il periodo veneziano fu caratterizzato anche dalla coltivazione obbligatoria dell’olivo e dall’organizzazione del commercio di transito grazie allo sviluppo del traffico marittimo. Fecero seguito i Francesi Repubblicani, con l’Alleanza Russo-turca, con la nazione delle Isole Ionie e ancora con i Francesi, questa volta Imperiali. Nel 1810 la flotta inglese si affacciò sullo Ionio, occupando la Leucade e minacciando le altre isole dominate dai Francesi. Paxos ne fu scossa. La carenza di cereali che portò alla fame e pesantemente oppressi dai governanti dispotici, gli abitanti di Paxos, comandati dal pirata capitan Kefalas, si ribellarono. Issarono la bandiera inglese, scannarono gli aristocratici francofili, saccheggiando e incendiandone le case. I Francesi cercarono di sopprimere la rivolta e giudicarono in corte marziale tutti i rivoltosi. Sette di essi vennero giustiziati a Corfù nel 1811 e le loro proprietà furono confiscate.
Tre anni più tardi gli Inglesi, sotto il comando del maggiore Theodoro Kolokotroni, sbarcarono sull’isola e la occuparono. Negli anni del loro governo furono costruiti acquedotti, strade, porti e scuole.
Dal 1864, quando le Isole Ionie vennero unite al resto della Grecia, Paxos seguì il comune cammino verso la ricostruzione.