Στεγάζεται στον Ιερό Ναό της Υπεραγίας Θεοτόκου Κυράς Αντιβουνιώτισσας, (μονόχωρη, ξυλόστεγη βασιλική, με εξωνάρθηκα στις τρεις πλευρές), που αποτελεί ένα από τα παλαιότερα (15ος αι) και πλουσιότερα εκκλησιαστικά μνημεία της Κέρκυρας, αντιπροσωπευτικό της βασιλικής επτανησιακού τύπου. Από το 1984 εκτίθεται πλούσια συλλογή φορητών εικόνων και κειμηλίων, με σημαντικά έργα (15ου - 19ου αι.) επώνυμων και ανώνυμων καλλιτεχνών, διατυπώνοντας σε υψηλά αισθητικά επίπεδα τον συγκερασμό της βυζαντινής παράδοσης με τις δυτικές επιρροές. Από τον Τζαφούρη, τον Μιχαήλ Δαμασκηνό και τον Εμμανουήλ Λαμπάρδο μέχρι τον Εμμανουήλ Τζάνε, τον Βίκτωρα και Μιχαήλ Αβράμη, στο Μουσείο Αντιβουνιώτισσας αντιπροσωπεύονται πλήρως πέντε αιώνες θρησκευτικής καλλιτεχνικής έκφρασης.